中心实行校、院两级管理、独立运行体制，统筹各类实验资源，实现资源优化管理。实行五统一的管理模式，即统一制定规章制度、统一安排教学任务、统一协调教师资源、统一管理仪器设备、统一执行考核标准，使中心教学的组织和管理真正实现一体化。通过整合相关的教学和科研实验室优质资源，搭建了遗传学、作物生产学、作物育种学、作物种子学、中药资源学5个实验教学平台和两个实践教学平台。根据实验室功能分配负责人，负责实验室开放、安全、卫生及设备管理等工作，参与实验中心规划和建设。中心按功能分区建设和管理，做到分工明确，责任到人。